اندام های داخلی
ساختار نرم بدن دوزیستان و خزندگان بالغ شبیه به دیگر مهره داران است. نای از حنجره به شش ها متصل می شود؛ هرچند که ممکن است شش ها در برخی گونه های آبزی کاهش یافته و یا به کلی از بین رفته باشند. این گونه های آبزی قادرند تقریباً تمام اکسیژن مورد نیاز بدن خود را از طریق پوست شان دریافت کنند. در بیشتر مارها، شش سمت چپ در جریان تکامل به کلی از بین رفته است، و در میان بسیاری از مارهای دریایی شش در امتداد طول نای کشیده شده است و در کنترل شناور ماندن حیوان بر روی آب در هنگام شنا نقش دارد. دستگاه گردش خون در بدن خزندگان و دوزیستان پیچیده و در عین حال مؤثر و کارآمد است؛ اما به استثنای کروکودیل ها، قلب خزندگان و دوزیستان فقط سه حفره دارد- دو دهلیز کامل و یک بطن ناقص که دیواره ی تکامل نیافته ای بطن را به دو بخش چپ و راست تقسیم می کند- با این حال گردش خون طوری تنظیم شده است که مخلوط شدن خون اکسیژن دار (سرخرگی) و خون بدون اکسیژن (سیاهرگی) را در تک بطن قلب به حداقل برساند. در کروکودیل ها، همانند پرندگان و پستانداران، بطن قلب بوسیله ی پرده ای نازک کاملاً از دهلیزها جدا شده است که مانع از مخلوط شدن خون سرخرگ و سیاهرگ می گردد. وجود چنین پرده ی جداکننده ای بسیار مؤثرتر از سیستمی است که در سایر خزندگان و دوزیستان وجود دارد. درحالی که اندام های تخصصی زیادی در رابطه با تغذیه در بدن خزندگان و دوزیستان رشد و تکامل یافته است، به مجرد اینکه غذا از دهان جانور پایین رفت، در یک دستگاه گوارشی کاملاً استاندارد شروع به هضم شدن می کند. یکی از ویژگی های مهم خزندگان و دوزیستان- که در آن از اکثر پستانداران متمایز هستند- داشتن کلوآک است. کلوآک حفره ای بزرگ دقیقاً داخل مخرج حیوان است که معده و مجاری ادرار و لوله های اندام های جنسی به آن وارد می شوند.
برای غالب دوزیستان، نظر به اینکه در محیط های مرطوب زندگی می کنند، حفظ و نگهداری آب در بدن مشکل جدی به حساب نمی آید. لذا فضولات نیتروژنی که آنها از خود تولید می کنند، در کبد به اوره تبدیل شده و سپس بوسیله ی کلیه ها دفع می شوند و در قالب ادراری روان از بدن خارج می شوند. همین روش در خزندگانی که در محیط های مرطوب یا آبی زندگی می کنند بکار گرفته می شود؛ اما برای خزندگانی که در محیط های بسیار خشک مانند صحراها و بیابان ها زندگی می کنند- جایی که آب کمیاب یا نایاب است- آب بدن بسیار باارزش تر از آنست که در قالب ادرار از دست داده شود. لذا در اکثر خزندگان، کبد فضولات نیتروژنی را به اسید اوریک تبدیل می کند که بعد از دفع توسط کلیه ها، به کلوآک سرازیر می شوند؛ در آنجا آب دوباره جذب می شود و گلوله های جامد اسید اوریک ته نشین می شوند. این گلوله ها سپس بصورت یک خمیر نمدار از بدن خارج می شوند و فقط درصد بسیار ناچیزی از آب را که برای دفع اوره به شکل ادرار مورد نیاز است، مصرف می کنند.

